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企業因為合併、分割或收購移轉土地所有權，且符合企業併購法等相關法令規定時，土增稅可先「記存」，也就是先記在帳上、暫時緩繳，不過地方稅捐機關每年都會定期清查記存土增稅案件，提醒企業留意，以免被追繳土增稅。
為鼓勵併購，避免企業從事併購時還要因為繳稅而增加資金壓力，因此針對企業或金融機構，因合併、分割或收購而移轉土地所有權等情形，可先記存土增稅，暫時免繳。
此外如果是自益信託土地，因公司合併而消失，依規定辦理變更登記，符合企併法規定，土增稅也可辦理記存，至於土地申報移轉現值，在併購基準日起30日內申報者，以基準日當期公告現值為準，超過基準日起30日才申報，則是以受理收件當期現值為準。
官員提醒，暫時免繳不代表免稅，稅捐處官員表示，申請記存土增稅案件，若日後該筆土地再移轉時，除繳納當次移轉的土增稅外，也要回過頭來追繳原記存的土增稅。
官員表示，所謂「再移轉」，包含買賣、贈與、信託、拍賣、被徵收等情形。
攸關地方稅源，地方稽徵機關盯得緊，每年都會針對轄內類似案件展開全面清查作業，例如今年以來，高雄市稅捐處、台中市稅務局、屏東縣財稅局等單位，陸續都展開清查。
舉例而言，甲公司、乙公司依據企併法規定辦理合併，合併後乙公司消滅，其所有的A土地移轉登記到甲公司名下，原本應繳納的200萬元土增稅，將記存在甲公司名下。
如果地方稽徵機關查到這筆A土地移轉，將會對甲公司追繳原記存土增稅200萬元；若甲公司僅移轉A土地部分持分，則會依比例計算追繳稅額。
此外依企併法規定，收購或分割記存土地增值稅案件，被收購公司、被分割公司（或股東）在土地完成移轉登記日起三年內，若轉讓該對價取得的股份，導致持有股份低於原取得對價的65％時，也會被追繳原記存的土增稅。
稅捐處提醒，針對記存稅款列管案件，稽徵機關每年都會進行例行性清查。
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