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財政部中區國稅局提醒，公司處分境內基金、境內基金，兩者課稅規定大不同。處分境內基金利得免徵營所稅，但應申報營利事業最低稅負制；若是處分境外基金所得，則要併入營利事業所得額中申報營所稅。
中區國稅局指出，近來理財風氣盛行，部分營利事業為妥善運用資金，利用閒置資金向金融機構申購國內、外基金作為投資選擇，但國稅局提醒，公司必須注意，境內、境外基金課稅規定各有不同。
國稅局表示，以基金公司的註冊地來區分，可分為「境內基金」及「境外基金」。
境內基金指的是基金發行公司在國內登記註冊，處分境內基金所發生的利得，屬於證券交易所得，依照目前《所得稅法》規定，證所稅停徵，在停徵期間，處分境內基金利得免徵營所稅，但應申報營利事業所得基本稅額（最低稅負制）。
至於境外基金，是指基金發行公司註冊地在我國以外地區，由國外基金公司所發行，並經金管會證期局核准在國內銷售的基金。
國稅局表示，營利事業處分境外基金所得，屬於境外投資所得，不屬於證券交易所得停徵所得稅範疇，因此應依所得稅法規定，併計營利事業所得額申報納稅。
國稅局指出，營利事業除處分境外基金利得應課徵所得稅外，舉凡境外基金配發孳息、基金轉換（即申請買回原基金後再申購新基金）等交易認列收益，也都屬營利事業境外所得，應併計營利事業所得額課稅。
營利事業在申報處分基金利得時，若無法區別境內、外基金，可向基金申購單位或至基金資訊觀測站查詢，以避免申報錯誤。
財政部補充，如果是個人，投資境內、境外基金的利得課稅規定也有差別。如果是境內基金，則處分利得免課綜所稅，也不用計入個人最低稅負制；若納稅人投資境外基金處分利得屬海外財產交易所得，應申報個人最低稅負制。
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