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基金會等公益機關團體符合免稅標準可免納所得稅，分為三種情境。第一是創設目的相關支出占比達六成；第二是當年度結餘款在50萬元以下；第三是支出比未達標、結餘款又超過，但有編列結餘款使用計畫。前述三情境都可免稅。
針對支出占收入比，財政部高雄國稅局表示，無論是支出、收入，都不能計入以往年度結餘款。支出包含用於與創設目活動支出、附屬作業組織虧損、所得稅費用等；收入包含創設目的有關收入、創設目的以外所得、附屬作業組織所得等。前述支出除以收入計算出占比，若超過60%，即可符合免稅規定。
結餘款方面，若結餘款低於50萬元，也能符合免稅規定；一旦創設目的支出比未達60%、結餘款又超過50萬元，也可編列結餘款使用計畫，仍可適用免稅標準。
國稅局指出，機關團體可將結餘款編列用於次年度起算四年內，與其創設目的有關活動支出使用計畫，並經主管機關查明同意，除銷售貨物或勞務的所得應納所得稅（可先扣除非銷售貨物勞務虧損）外，當年度結餘款仍可適用免稅標準。國稅局提醒，已提報結餘款使用計畫經主管機關同意者，結餘款應在使用計畫期限內執行完成，才符合免稅規定。
國稅局補充，經主管機關查明同意的結餘款使用計畫，其支出項目、金額或期間有須變更情形者，最慢應在原使用計畫期間屆滿次日起算三個月內，檢附變更後使用計畫送主管機關查明同意，變更前、後使用計畫期間合計仍以四年為限。
舉例來說，甲基金會2021年結算申報收入100萬元，包含捐贈收入70萬元及利息收入30萬元，用於與創設目的活動支出20萬元，當年度結餘款為80萬元，支出比僅20%，未達60%，結餘款又超過50萬元，因此應編列使用計畫才能適用免稅。
甲基金會編列計畫報經主管機關同意，計畫在2022及2023年分別使用50萬元、30萬元，不過因2023年因故無法依計畫支出30萬元，甲基金會最慢應在2024年3月31日前提出變更使用計畫送主管機關查明同意。而變更後結餘款使用計畫，最後使用年度仍以四年為限。
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