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商家漏報營業稅被查獲時，才提出合法進項發票，想用來扣除補稅額，為時已晚，財政部高雄國稅局表示，營業稅漏稅額計算，以查獲前已申報扣抵的進項稅額為限。
營業稅額是以出售的銷項稅額減掉進貨的進項稅額來計算，高雄國稅局表示，依《營業稅法》規定，營業人無論有無銷售額，都應按期填申報書，檢附文件向國稅局申報銷售額、應納或溢付營業稅額。
營業稅法施行細則也規定，認定漏稅額時，主管稽徵機關依查得資料，依法申報的進項稅額才能用來扣抵，核定應補徵的應納營業稅額。
國稅局舉例，甲公司今年元月銷售應稅貨物100萬元，未按期申報遭查獲後，被補徵營業稅額5萬元。
甲公司收到這筆補稅繳款書後，才主張有合法進貨憑證80萬元、進項稅額4萬元未提出申報，認為國稅局在計算此次漏稅額時，應繳稅額5萬元應減除進項稅額4萬元後，只要補稅1萬元即可。
但國稅局解釋，依規定，營業人進項稅額若要扣抵或退還，應以已依規定申報者為前提，若在國稅局查獲後才提出合法進貨憑證，因營業人並未申報這些進貨憑證、未依規定辦理進項稅額申報，認定補稅時，不能將這筆進項稅額自漏稅額中減除，甲公司應補稅5萬元並處罰鍰。
國稅局說明，前述案例中，甲公司尚未提出申報扣抵的合法進項稅額憑證4萬元，仍可留到下一期營業稅申報扣抵，次期仍未申報者，應在申報扣抵當期說明理由，且應注意進項稅額憑證申報扣抵期間以十年為限。
國稅局表示，如果有合法進項稅額憑證，仍可申報扣抵次期銷項稅額，營業人的抵稅權益不會受到影響。
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