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中小企業申報營所稅時，若希望適用研發投資抵減，應留意抵減率、申請期限、專案支出認定申請等三大重點，以免影響自身權益。政府為鼓勵研發，除在《產業創新條例》中提供研發、智慧機械、5G等投抵優惠外，針對規模較小的中小企業，也在《中小企業發展條例》中提供研發租稅優惠，大致規定與產創條例雷同，只不過研發門檻較低，更適合中小企業申請，以台北市而言，2022年約有73件適用中小企業研發投抵。
財政部台北國稅局表示，在抵減率方面，中小企業投資在研發方面的支出，可在不超過當年度應納營所稅30%限額內，選擇在支出金額15%限度內抵減當年度應納營所稅，或選擇在支出金額10%限度內，抵減自當年度起三年內各年度應納營所稅。兩種抵減方式一旦擇定，不得變更。
國稅局提醒，中小企業若要申請適用研發支出投抵，必須是依法辦理「公司」登記，並符合中小企業認定標準，且最近三年內並未違反環保、勞工或食安衛生相關法律且情節重大者。
此外也要留意申請期限，國稅局提醒，中小企業應在辦理當年度營所稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附文件向經濟部申請研發活動認定。
也就是說，中小企業會計年度屬曆年制者，去年度的研發支出若希望適用投抵，應自今年2月起至5月底止提出申請，申請日的認定是以申請文件送達日為準，逾期申請將不予受理。
此外國稅局也提醒，若有需要申請專案認定，也應併同前述研發活動認定申請，向經濟部提出。須專案認定的範圍包含專用於研發所購買的技術、專業性或特殊性資料庫、軟體及系統，以及委託國外大專院校、研究機構、或聘請國外教師、研究人員費用，或是與國外共同研發費用。
國稅局表示，中小企業去年度研發支出如欲適用投資抵減，應在規定期限內提出研發活動及專案支出認定申請，以免影響適用租稅優惠的權益。
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