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企業申報營業稅，事先導入電子發票，可免除營業人逐筆登錄資料繁瑣程序，減少人工登錄的錯誤，報稅省時省力。財政部北區國稅局舉例，甲公司2023年11-12月期開立5,000張電子發票，其中1,000張屬雲端發票，申報銷售額95萬元，後遭查獲甲公司該期短漏報銷售額5萬元。
除須依法補徵所漏營業稅款2,500元外，本應依營業稅法規定按所漏稅額處罰，但因甲公司銷售貨物時均開立電子發票，且開立雲端發票張數比率達20%（1,000張雲端發票／5,000張電子發票），且少報銷項稅額占該期全部銷項稅額之比率為5%〔漏報銷項稅額2,500元／(申報銷項稅額47,500元＋漏報銷項稅額2,500元）〕，依減免處罰標準第15條第2項第4款規定，免予處罰。
國稅局表示，為提高營業人開立雲端發票意願，依稅務違章案件減免處罰標準第15條第2項第4款及稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表規定，針對開立電子發票及雲端發票達一定比率的營業人，給予一定比率申報容錯空間，得免予或減輕處罰。
財政部積極提升營業稅網路申報便利性，提供使用或接收電子發票營業人及經授權之專業代理人（如會計師及代理記帳業者），可至財政部電子發票整合服務平台下載進、銷項媒體申報檔，於當期申報營業稅時直接匯入「營業稅電子申報繳稅系統」。
企業導入電子發票申報營業稅，除可建構全面電子化稅務環境，亦可免除營業人逐筆登錄資料繁瑣程序，申報營業稅申報也將減少人工登錄錯誤。因此，財政部籲請營業人使用電子發票，並協助引導消費者使用載具索取雲端發票，響應節能減碳政策，提高企業形象。
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