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財政部台北國稅局表示，藥局除銷售依醫師處方箋調劑藥品不課徵營業稅外，如銷售其他藥品、保健食品或日常生活用品等貨物，仍應依法課徵營業稅。
北稅局說，依加值型及非加值型營業稅法第1條規定，在我國境內銷售貨物或勞務，應依法課徵營業稅。又同法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，執行業務者提供其專業性勞務非屬營業稅課稅範圍；藥局銷售依醫師處方箋調劑藥品的調劑費及藥品費，因屬主持藥師的執行業務所得，尚無課徵營業稅問題。但藥局如兼營其他藥品、保健食品或生活用品等貨物銷售，應依法課營業稅。
北稅局舉例說，甲藥局原為專營藥品調劑業務，免辦理稅籍登記。之後甲藥局開始銷售成藥、保健食品、奶粉及紙尿褲等貨物，卻未向稅捐稽徵機關辦理稅籍登記及報繳營業稅。經稅捐稽徵機關查獲後，除對該藥局補徵所漏營業稅外，並就違章情事裁處罰鍰。
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