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財政部高雄國稅局表示，企業申報營所稅，適用盈虧互抵時，虧損年度若有不計入所得額課稅的投資收益，虧損金額應先減除虧損年度的投資收益，剩餘的虧損餘額才能用來扣除。
投資收益是否應先從虧損金額中減除，最有名的爭議案件是十餘年前的中鋼補稅案。
當時中鋼申報營所稅，適用盈虧互抵，但並未將轉投資收益先從虧損金額中扣除，導致被國稅局補稅上億元，後來中鋼聲請大法官釋憲，但憲法法庭仍認定財政部有理。
財政部今年5月預告修正營所稅查核準則，配合憲法法庭判決，已納入相關函釋，提升至查核準則層級。
高雄國稅局表示，財政部曾在1977年發布解釋令，免計入公司所得額的投資收益，應先行抵減核定虧損後，餘額才能從純益額中去扣除。
舉例來說，甲公司2021年營所稅結算申報案件，全年所得額300萬元，扣除前十年核定虧損扣除額250萬元（為2020年虧損金額），申報所得額50萬元。
國稅局查核後發現，甲公司在2020年有200萬元的投資收益，應先自虧損金額中扣除，因此虧損餘額剩下50萬元，甲公司只能盈虧互抵50萬元，核定課稅所得額應為250萬元，補稅40萬元，並加計利息。
國稅局提醒，公司組織的營利事業，若要適用所得稅法盈虧互抵，須會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報，才可適用前十年虧損扣除。
若虧損年度有不計入所得額課稅的投資收益，虧損金額也應先減除虧損年度的投資收益，扣除後的虧損餘額，再自純益額中扣除，以免多報前十年虧損扣除額，導致遭國稅局補稅。
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