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台北國稅局表示，營利事業或非營利組織接受政府單位補助款，是否要報繳營業稅有區別，屬於因提供貨物或勞務而收受的補助款，不可因名義為補助款就認定為免稅性質、而不申報繳納營業稅；若只是政府為推行政策給予無條件補助，未取得受補助者相對代價，免徵營業稅。
國稅局表示，營利事業和非營利組織在我國境內銷售貨物或提供勞務，而取得政府單位的補助款，此時依《加值型及非加值型營業稅法》規定，屬於課稅範圍，應依規定報繳營業稅。
官員說明，依據營業稅法規定，營業人除了以營利為目的的公營、私營或公私合營的事業外，還包含非以營利為目的的事業、機關、團體、組織。
營業人如果參加政府單位辦理的行政計畫，所取得一定金額補助款項，而相關計畫執行成果歸屬政府單位所有，或由營業人與政府單位共同擁有，此時款項就屬於營業人提供勞務給政府單位而取得的相對代價，不是無償的贈與，應依規定報繳營業稅。
國稅局舉例，A基金會在2021年11月與某縣政府簽訂共同執行計畫專案補助契約書，取得政府補助經費新台幣100萬元，因契約約定計畫執行成果為政府所有，所以補助經費屬於A基金會銷售勞務所收取的報酬。不過A基金會誤認為以「補助」為名不用報繳營業稅，因此未將此筆補助款申報納稅，國稅局查獲後核定補稅5萬元並處罰鍰。
台北國稅局指出，先前農政機關為輔助學童飲用牛乳，發給丁公司學童飲用牛乳補助款項，此時補助款項屬於丁公司的銷貨收入，所以也應依法開立統一發票報繳營業稅。
另外，政府補助款是否課徵所得稅或營業稅，端看性質及條件而定。以所得稅來說，補助款為實報實銷非所得，無須課徵所得稅；若為總額補助就要課所得稅。在營業稅方面，如果納稅義務人取得補助款的條件是必須提供貨物或勞務，則應課徵營業稅。
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