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好市多事件爆發後，消保處就立即啟動與好市多協商，討論賠償方案，同時也向各縣市政府蒐集意見。如台北市提出，食用到受A肝污染莓果的消費者，經醫師評估有需要施打A肝疫苗等，好市多應負責全部賠償責任。衛福部疾管署指出，成人A肝疫苗屬自費疫苗，相關賠償規畫應由消保處或好市多協助，據調查，40歲以下國人未經過流行期，多數無A肝抗體。
疾管署副署長羅一鈞表示，我國目前有葛蘭素史克（GSK）及默沙東（MSD）2家藥廠，提供成人自費A肝疫苗，若消保處與好市多協調賠償方案，應是成人自費疫苗，疾管署目前提供的公費A肝疫苗為兒童疫苗。
羅一鈞表示，早期台灣是A肝病毒流行著家，但隨著我國公共衛生條件再進步，包括飲用水、抽水馬桶等改善，我國已不再是A肝流行地區，根據數年前醫院團隊針對我國A肝血清流行病學調查，50歲以上民眾普遍有A肝抗體，而40至50歲區間是過渡期，罹患A肝的比例逐步下降，部分人有抗體而有些則無。
羅一鈞表示，因我國已不再流行A肝病毒，40歲以下國人有A肝抗體比例較低，除非常常出國到東南亞等國家感染A肝病毒，否則在台灣要感染到A肝機率較低。
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