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醫師領取醫療機構給付的勞務報酬時，依醫師與醫療機構間的關係不同，勞務報酬歸類也有所不同，於申報扣繳憑單及辦理綜所稅結算申報時，應依正確所得類別申報。
財政部台北國稅局表示，一般而言，醫生領取醫院報酬，可分為薪資所得及執行業務所得兩種。
若醫療機構與醫師間不具駐診拆帳或合夥關係，應屬僱傭關係，所以公私立醫療機構、醫療法人及法人附設醫療機構所聘僱的醫師，其勞務報酬應視為薪資所得，適用薪資所得規定課稅。
若由醫師兩人以上合資，以聯合執業模式經營診所，共同負擔成本及必要費用，且診所申請設立登記的負責醫師，與其他執業醫師間不具僱傭關係，依聯合執業合約所分配的盈餘，則可適用執行業務所得規定課稅。
台北國稅局舉例，甲君為A診所設立登記負責醫師，聘僱乙君為執業醫師，甲君、乙君兩人明明知道乙君未負擔A診所盈虧風險，不須負擔執行業務的成本及必要費用，卻偽造合夥契約書，將乙君載為合夥執業醫師，並將給付乙君的薪資，以執行業務所得辦理扣繳憑單申報，乙君也故意以執行業務所得申報綜所稅，經查獲後，改以正確所得類別課稅，並依規定裁處罰鍰。
國稅局提醒，若受僱於醫療機構的醫師，所領取的勞務報酬屬薪資所得，非執行業務所得，在申報扣繳憑單時要依正確所得類別申報，受僱醫師在申報綜所稅時，也應以薪資所得申報，不得再減除執行業務所得的必要費用。
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