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金門、馬祖近年海漂垃圾問題再度受到關注。專家指出，金馬海漂垃圾並非新議題，「已經2、30年了」，其中約8成來自中國大陸沿海，早期在兩岸關係較佳時，曾透過協調機制將部分垃圾運回對岸處理，如今因互動中斷，合作模式難以延續。
中央研究院生物多樣性研究中心執行長鄭明修表示，金門、馬祖位處閩江口外海流匯集區，冬季東北季風盛行時，沿岸垃圾易隨洋流漂至離島。他指出，過去大量保麗龍養殖浮具破碎後漂流，造成清理困難，兩岸互信基礎較強時，對岸也曾協助處理部分廢棄物，「那時候大家都知道來源是對岸養殖產生的，也願意合作。」
他強調，台灣本身沿海也面臨類似問題，例如台南、嘉義布袋沿海過去養殖業大量使用保麗龍，一旦颱風來襲破碎，「海邊像下雪一樣整片白」，因此政府近年推動養殖器材實名制與浮具標章制度，要求業者標示來源，以利追溯責任。只是非法或未登記業者仍可能成為漏洞。
針對外界建議建立「垃圾指紋」資料庫，透過海流模式與AI技術追蹤來源，鄭明修指出，學界早已透過海流模型進行長期研究。例如2015年間，他以東沙島為例，分析海漂垃圾來源發現，冬季多來自中國沿海，夏季則多來自越南。透過5年資料反推漂流路徑，已能掌握區域性來源分布。他認為，科學工具能強化論述基礎，但跨境垃圾問題終究仍需政治與行政協調。
談及中央角色，鄭明修表示，近年中央已透過環保署編列較多預算補助地方處理海漂垃圾，並建立縣市評比機制與海洋環保艦隊，提升清理量能。海洋委員會海保署依「海洋汙染防治法」處理油汙染與船舶擱淺事件，若涉及跨境源頭管理，「光靠中央部會喊話效果有限」，仍需地方政府透過既有交流管道與對岸溝通。
鄭明修直言，兩岸海巡過去曾有共同打擊犯罪與海上救難演習等合作機制，如今多已停擺，「沒有互動就很難建立處理機制。」他認為，若中央無法直接對話，地方政府或許仍有溝通空間，但最根本的仍是源頭減量與長期制度化管理。
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