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好心肝診所2021年替上百名名非第一至三類人員施打新冠疫苗，遭台北市政府裁罰200萬元罰鍰，好心肝診所不服處分，提行政訴訟。最高行政法院認為，預防接種政策應以衛福部訂定發布者為限，醫療機構不配合「中央指揮中心」的措施也不能處罰，今除廢棄原判決，還撤銷訴願決定與原處分。
疾管署回應，未來中央流行疫情指揮中心成立期間發佈防疫措施的行政程序，會再與法制相關部門商討，以求能更完備規範效力並兼顧防疫急迫需求。
最高行政法院撤銷處分原因是，中央流行疫情指揮中心依法律授權發布的預防接種政策，或相關必要應變措施，若屬法規命令應刊登於政府公報或新聞紙，才生規範效力，因此撤銷心肝診所處分。
衛福部疾管署副署長羅一鈞說，該行政訴訟兩造為台北市政府和好心肝診所，疾管署並非訴訟當事人，因此不就個別案件內容評論。疾管署跟疫苗接種醫療院所為透過「合約」處理，並不會用法規命令訂定應接種對象，否則恐有強打疫苗疑慮，因此違規接種僅為「違約」，疾管署不會裁處。
羅一鈞說，未來中央流行疫情指揮中心成立期間發佈防疫措施的行政程序，會再與法制相關部門商討，以求能更完備規範效力並兼顧防疫急迫需求。
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