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面對2050淨零碳排挑戰，醫療院所雖不用繳交碳費，但也有減碳目標。衛福部醫事司副司長劉玉菁表示，醫療產業目標在2030年減少百萬噸二氧化碳當量，但目前碳排查仍在初期階段，預計等到2027、2028年才會訂定各醫院的減碳目標。
淨零碳排中，醫療院所減碳目標在環境部列為「住商部門」管理，劉玉菁表示，從醫院既有統計數據來看，耗電設備中如空調、電機、照明系統等是碳排放來源大宗。目前衛福部碳排查鎖定全台醫學中心，必須今年完成盤查，明年4月公布盤查結果，未來每年4月都要公布前一年的盤查結果。
劉玉菁指出，經濟部目標設定醫療產業在2030年達到減少百萬公噸二氧化碳當量，該目標為不分醫療院所層級共同達到，不分醫學中心、區域醫院、地區醫院等，不包含製藥產業。國健署先前推動的「健康醫院」時有設定減碳目標，此次目標依據當時基準調整。
然而，各醫院規模不同、減碳進度不一，劉玉菁說，各醫院減碳目標必須等碳盤查完整、掌握自身碳排狀況，才可以訂出改善計畫，因此預計等到2027年、2028年才有各醫院的減碳目標。
不僅各醫院擬定減碳目標，衛福部醫事司則是負擔輔導醫院盤查角色，健保署也推動各項減碳新政策，如加速康復ERAS給付新制等，減少醫院住院天數，也間接減少病人及陪同者交通、住宿等碳足跡。
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