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財政部高雄國稅局提醒，營利事業若投資國內股票或基金，雖然這類「證券交易所得」依現行規定免課營利事業所得稅，但仍必須納入「基本所得額」計算，若漏報，將被補稅並處罰。
國稅局指出，《所得稅法》規定，證券交易所得暫停課徵所得稅，但這項免稅僅限於《證券交易稅條例》所稱的有價證券範圍，包括上市、上櫃及未上市（櫃）股票，以及國內基金等金融商品，雖免課所得稅，但仍要納入基本所得額，用來計算是否達到應課稅門檻。
換句話說，企業若因投資基金或股票而獲利，雖然不必繳營所稅，但仍要將該筆「證券交易所得」列入基本所得額申報，如果忽略這項規定，未揭露或漏報，國稅局查獲後，除須補稅外，還會被處罰。
舉例來說，轄內某甲公司2021年透過A銀行投資國內基金，2023年贖回時獲利200萬元，2024年甲公司收到A銀行寄發的所得資料明細通知單，但在結算申報時僅申報一般營利所得70萬元，未將200萬元基金處分利得納入基本所得額申報。
經國稅局查核，該公司漏報基本所得額200萬元，依規定應將基本所得額（70萬＋200萬）扣除法定免稅額60萬元後，以12%稅率計算基本稅額，應納25.2萬元；由於甲公司原已繳納一般所得稅14萬元，兩者差額11.2萬元即為補徵稅額，並依《所得基本稅額條例》第15條規定處以罰鍰。
國稅局強調，這類情況在企業投資日益普遍下相當常見，許多公司誤以為「停徵所得稅」等於不必申報，導致短漏報，提醒營利事業應定期檢視基本所得額，確認是否有包含基金、股票或其他有價證券的處分利得。
國稅局，若企業發現過去申報有疏漏，在未被檢舉、未被稽徵機關或財政部指定調查人員調查前，仍可依《稅捐稽徵法》規定，自動補報並補繳稅款及利息，免予處罰。
國稅局建議，企業應主動留意投資收益與稅務揭露義務，並妥善保存投資與贖回資料，確保申報正確，若對基本所得額或停徵所得稅適用範圍有疑義，也可向國稅局洽詢，以免因誤會法令而遭補稅與罰款。
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