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財政部高雄國稅局表示，外國企業或個人在台灣取得來源所得、依法繳納扣繳稅款後，如符合所得稅協定退稅規定，申請退稅期限為十年內，稅局針對租稅協定退稅案件，有兩大提醒。
首先，退稅期限原本是五年內，財政部今年修正相關規定延長至十年內，自4月10日生效，但在生效前時效已超過五年的舊案將無法適用新規定；其次，若租稅協定中另有規定，則優先依循協定辦理。
高雄國稅局表示，財政部4月修正「適用所得稅協定查核準則」，明訂他方締約國居住者在台灣取得所得時，即便一開始未申請協定待遇，仍可在繳稅後十年內補提申請，一旦稅捐稽徵機關核定確有多繳，將依法退還多繳稅款，修法主要是回應跨國交易日益複雜、文件準備時間長，延長期限增添退稅彈性。
但國稅局提醒，並非所有案件都能適用十年退稅期。若申請案是在修法生效前（2025年4月10日）已經超過五年，就不能適用新規，例如某外國公司在2019年繳納扣繳稅款，至2025年時已逾五年，即使修法後期限放寬，也無法追溯適用。
此外若台灣與他方締約國租稅協定中，已另有明確規定退稅期限，仍以該協定為優先。例如台灣與德國簽訂的所得稅協定，規定退稅申請必須在扣繳稅款所屬曆年度後第四年底前提出，因此仍須遵循該條款，不受此次「十年內」退稅期放寬影響。
另外國稅局舉例，甲公司在2020年4月支付日本A公司技術服務費，並代扣稅款，A公司若要申請依台日所得稅協定享有營業利潤免稅並退還溢扣稅款，原本申請期限是五年，最晚至2025年4月14日，但由於修法時尚未逾五年，因此A公司可適用新規定，申請期限延長至2030年4月14日，A公司多了五年時間準備。
國稅局提醒，只要涉及跨國所得的外國納稅人，務必檢視過往交易與合約，確認是否有可適用所得稅協定但尚未申請退稅情況，若要提出申請，必須準備相關文件，包括申請書、合約書及中文譯本、締約國稅務機關出具的居住者證明，以及所得支付或稅款扣繳證明，如由代理人申請，還需附上授權書正本。
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