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隨著台灣人口快速邁入高齡化社會，長期照顧需求持續升高，長照機構在社會中扮演著不可或缺的角色，但這些機構大多不屬於傳統公司組織型態，因此在稅務申報上有許多特殊規定需要留意。專家提醒，從事長照事業的法人組織，依設立型態與營運性質不同，所得稅與營業稅的申報方式也有所差異。
勤業眾信聯合會計師事務所稅務部資深會計師陳惠明表示，長照機構的法人型態可分為財團法人與社團法人兩大類，其中，社團法人又進一步區分為「以公益為目的」與「非以公益為目的」。
陳惠明指出，財團法人與公益社團法人，若符合《所得稅法》規定的「教育、文化、公益、慈善機關或團體」條件，其本身與附屬作業組織的收入，除了銷售貨物或服務外，基本上可免納所得稅，但仍須於年度結算時填寫「公益慈善機關或團體結算申報書」進行申報。
非公益社團法人則不同，陳惠明說，由於社員可分配盈餘、轉讓持分，具備營利事業特性，財政部認定其應比照一般公司辦理申報，須填寫「營利事業所得稅結算申報書」，並依法進行暫繳與結算申報。
針對虧損能否在未來抵稅的問題，陳惠明表示，非公益社團法人，因申報方式如同一般營利企業，只要符合《所得稅法》第39條條件，虧損可於未來十年內抵減所得；財團法人則僅能針對其銷售貨物或服務產生的虧損適用虧損抵減，且必須符合法規條件，並非所有虧損都能適用。
除了所得稅外，營業稅的處理也有眉角。陳惠明說，若長照機構提供的照顧服務符合《營業稅法》第8條規定的社會福利勞務範圍，可免徵營業稅且免辦理稅籍登記。
陳惠明提醒，但若機構同時銷售其他貨物或非社福服務，如販售紙尿褲、看護墊等，則需辦理稅籍登記並依法繳納營業稅，若這些用品的費用包含在照護服務費中，且由機構協助更換，視為照護服務一環，可一併免稅；但若是額外向使用者收費（無論有無賺取價差），就屬於商品銷售，應課徵營業稅，且無法抵扣進項稅額。
陳惠明提醒，長照機構稅務申報不只看收入，也要看組織型態與服務方式，了解法規細節，不僅能避免誤報風險，更有助於掌握合法節稅空間，讓機構能專注投入照顧服務，創造更穩健的營運環境。
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