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企業支付員工健康檢查費用，是否須辦理扣繳？國稅局表示，如果是屬於法規要求，這筆費用不算員工薪資所得，免辦扣繳；但如果是在法規以外，額外增加健檢次數及負擔，則屬於員工薪資費用，公司應併計員工薪資所得扣繳所得稅。
國稅局表示，公司按照職安法相關規定，必須對在職勞工施行健康檢查所負擔費用，視為職工福利，而非員工薪資所得；但在法規之外另外增加檢查次數及項目負擔，則屬營利事業對員工健康檢查補助，應列為薪資費用，至於員工取得補助核屬《所得稅法》薪資所得，依法應併計員工薪資所得扣繳所得稅。
舉例來說，甲公司2019年依法對從事特別危害健康工作的勞工，定期施行特定項目健檢費共20萬元，另補助員工一般性定期健康檢查費用50萬元，則甲公司在辦理當年度營所稅結算申報時，應將上述健康檢查費用分別列報於職工福利20萬元及薪資費用50萬元。
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