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台中市地方稅務局提醒，依《特定工廠登記辦法》取得登記的廠房，仍不屬於合法登記工廠，因此房屋稅不適用按營業用稅率減半的優惠稅率，仍要按3%課徵。
台中市地稅局說明，所謂「合法登記工廠」是指廠房須為合法房屋，並依《工廠管理輔導法》規定申請登記許可的工廠，而且須符合供工廠直接生產使用的自有房屋等要件，才能適用減半課徵房屋稅優惠。
然而依特定工廠登記辦法取得特定工廠登記者，在有效期間內，雖然不受土地使用及建築法規的相關處罰，並准予接水、接電及使用，但仍須取得土地及建物合法使用的證明文件，才可依相關規定申請登記為合法工廠，如僅取得特定工廠登記，仍處於未登記工廠受政府納管輔導成為合法工廠階段，因此與房屋稅條例所稱合法登記工廠有別，仍應依實際使用情形，按營業用稅率3%課徵房屋稅。
台中市地方稅務局表示，據《房屋稅條例》第15條規定，合法登記工廠供作直接生產使用之自有房屋，房屋稅可減半徵收，稅率1.5%，但向主管機關申請取得特定工廠登記的，因無使用執照，屬於違章房屋，無相關優惠適用。
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