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台大醫院企業工會今發布聲明，台大醫院呼吸治療師在重症高峰期盡心盡力，冒染疫風險挽救患者，然而2年多來防疫津貼全無下文，眼見台灣社會歌舞昇平，只怨成為免洗筷一般的存在被政府遺忘。指揮中心今回應，今年初至6月最快下周撥款，今年上半年後半則於7月底撥款。
台大醫院企業工會秘書長王棋筠指出，疫情高峰期間重症患者為數眾多，以台大醫院為例，可能同時有數十名新冠肺炎確診者需插管接受治療，都需要呼吸治療師協助照護。衛福部為嘉勉治療師的辛勞，也特別設置「重症呼吸器照護獎勵」，每照顧1名患者，政府將每日發放1萬元津貼。
但工會追查，2020年7月至2021年4月，台大醫院共計申請46萬的呼吸治療師津貼，衛福部卻只發2萬元，這23分之1的金額形同侮辱，院方多次向衛福部請求撥款，卻只換到政府單位的「已讀不回」。更誇張的是，2021年5月、2022年4月都是台灣2波疫情高峰，也是最多重症患者需要呼吸器維生的時刻，衛福部卻至今都不允許醫院申報。
工會質疑，指揮中心表面上說要走向共存、防堵重症，實際上卻拋下重症照護的關鍵人員不管，根本是在埋下醫療崩壞的地雷，預告未來可能迎來更嚴峻的人力黑洞與離職潮。
一位在北部醫學中心服務的呼吸治療師向媒體表示，防疫工作不僅是醫師、護理師的工作，面對呼吸衰竭的重症患者，呼吸治療師從建立呼吸道、設定呼吸器、操作「救命神器」HFNC、趴臥（prone position）協助呼吸都負擔著極重要的角色，同時因為呼吸道處置可能產生大量含有病毒的「氣溶膠」，走進插管患者的病室就立刻被病毒覆蓋，染疫風險也不亞於其他職類。如今政府津貼發放顯得漫不經心、百般拖延刁難，令呼吸治療師失望。
工會指出，過去陳時中部長曾經承諾，若7月以前沒有發放呼吸治療師津貼，將懲處相關單位，但目前已屆7月，衛福部卻遲遲不開放醫院申請呼吸治療師津貼，更不要說薪資入袋，工會希望指揮中心給個交代，別再一次讓醫療人員心寒。
對此，醫療應變組副組長羅一鈞表示，有跟醫事司做了解，今年年初到6月部分，會加緊流程，最快7月也就是下周撥款；至於今年上半年後半，將於7月底撥款，防疫津貼發放不會針對某一家醫院，是全體醫院予以發放。
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