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康芮颱風過後，台南運河大量吳郭魚死亡，台南市環保局表示，11月1日周五就出現魚屍，今天續有吳郭魚死亡，3天所撈的數量超過11頓，由於只死吳郭魚，研判並非汙染所致，主要是大雨把一些髒東西沖到運河內，加上溶氧量少造成。
市議員李啟維昨天一早就發現運河永華橋至樂利橋間有大量吳郭魚死亡，懷疑是上游5個汙水截流站的閘門因颱風全部打開，有汙水排入運河，造成汙染所致，要求查明原因。他表示，運河常見的魚除吳郭魚，還有虱目魚、豆子魚、文仔魚、三角仔等，但這次只有最耐汙染的吳郭魚死亡，確實很奇怪。
環保局長許仁澤表示，周四11月31日因颱風有下雨，周五運河出現吳郭魚暴斃，周六更為嚴重，從周五起就派員勞魚屍，昨天撈5噸，今天繼續撈，3天所撈魚屍已超過11噸。初步研判是因為下雨，把髒東西沖到運河，加上天氣變化水中溶氧量低所致，若是汙染造成，不可能只有單一物種死亡，其他魚也會死，因此運河遭汙染致大量吳郭魚死亡的可能性不高。
水利局也表示，研判康芮颱風帶來的急降雨及氣溫劇變，造成運河溶氧偏低及水體翻騰所致，水利局也於運河盲段進行灑水作業以提高溶氧措施，另中正及民生截流站20台曝氣設備同時延長運行時間，以穩定水體的溶氧量，提供魚避空間。
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