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公司透過發行認股權憑證來獎勵員工時，務必留意稅務規範。財政部北區國稅局提醒兩點，首先，發行時應於營所稅申報上列為薪資費用；其次，公司沒收憑證或憑證失效，記得要「回補」，重新列回這筆薪資收入，以免產生補稅。
企業為了留才，常會透過公司股份獎酬員工。員工認股權憑證是允許員工在特定條件下，以通常較低的認股權價格認購公司股份，當員工條件不符時，公司可能沒收，認股權憑證也可能失效。
在稅務方面，北區國稅局表示，依財政部解釋令，公司依《證券交易法》與《公司法》規定發行員工認股權憑證時，會依公平價值或內含價值，在各年度逐步認列為酬勞成本，也就是把這些金額當成員工薪資費用，這些金額在營所稅結算申報時，已被稅務機關認定為合法的薪資支出。
然而，若員工後來未能符合計畫規定的年資或條件，導致公司沒收認股權，或員工雖已取得認股權卻超過行使期限而失效，公司就必須將之前已認列的費用，轉回到當年度的損益帳，並列入課稅。
國稅局舉例，甲公司在2018年7月1日發行員工認股權憑證，規定員工需滿三年服務才能行使，最後期限為2023年6月30日，到了期限，有些員工沒有行使認股權，使得憑證失效。
這部分失效的認股權，公司歷年已認列500萬元薪資費用，但在申報2023年營所稅時，卻未將這500萬元轉列為收入，經國稅局查核後，調增甲公司其他收入500萬元，並補徵相關稅款。
國稅局表示，這類錯誤並非少數，公司在祭出獎勵措施留才時，也應留意相關稅務規範，更需留意會計與稅務處理，雖公司發行階段認列薪資費用正確，但若最終權利沒有被行使，這筆「費用」實際上並未發生，就必須在失效或沒收當年度列回收入。
國稅局提醒，企業若忽略處理，很可能導致被查核時一次補稅，建議公司財會人員在年度結算前，應仔細檢視員工認股權行使狀況，確保相關費用或收入都有依規定正確申報，避免後續爭議與罰款。
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