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投資人普遍有「共同基金經理費與手續費用高於ETF」的刻板印象，但進入零手續費時代，基富通、鉅亨買基金、中租等各大基金平台普遍推行零手續費，加上臺灣個人投資儲蓄帳戶（TISA）優惠，投資實質成本已大幅降低。
台股基金與ETF費用大致分兩種：內含及外加。共同基金內含費用較高，ETF外加費用較多。
第一項內含費用是經理費（管理費），用來培養操盤手及管理研究團隊。台股基金的管理費率通常介於1.5%-2%之間，至於TISA級別台股基金、台股主動與被動式ETF，則都低於1%。ETF通常會依規模級距式調降管理。第二項內含費用是保管費，是由基金付給保管銀行。台股基金保管費約0.15%；台股ETF則通常低於0.1%，最低約0.025%。
再來是外加費用。首先是手續費。現在買賣基金大致是零手續費；買賣ETF則要付手續費給券商，公定費率進出是0.1425%。
第二是證交稅，賣出ETF時收取，台股ETF為0.1%，低於個股的0.3%。台股基金則無此稅負。
第三是銀行信託管理費，在銀行買基金時，每年銀行會收取基金總資產的0.2%，依天數比例收取，通常在贖回時付給銀行。若在證券、投信或基金平台交易，則無此費用。ETF亦無此費用。
第四是配息匯費。台股基金若在銀行買，領息時不必付匯費。如果是基金平台，通常會與指定銀行合作，投資人在這些指定銀行領配息，也不必付匯費。至於ETF，入帳的銀行帳戶如果不同於這檔ETF的保管銀行，則每次發放股利會扣取10元跨行匯費。
在所得稅部分，台股基金股票股利都併入綜合所得稅計算。台股ETF配息則要看配息來源，資本利得及平準金免稅，股利則併入綜所稅。至於二代健保補充保費，不論是台股ETF或台股基金，都是單次給付達2萬元以上要徵收，目前費用率為 2.11%。
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