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九九峰自然保留區野生動植物生態豐富，其中稀有瀕危植物垂枝羊角扭是在保留區發現命名的新物種，而過去在中橫、谷關等地分布的毛瓣石楠也現蹤保留區，是新發現的分布紀錄。
集集大地震後，為保存所形成的崩塌斷崖特殊地景，民國89年5月22日劃設九九峰自然保留區，保留區範圍包含南投縣國姓鄉、草屯鎮，及台中市霧峰區、太平區，面積達1202.8公頃，24年來禁止改變或破壞原有自然狀態，打造不受人為干擾的野生動植物棲息環境。
主管機關農業部林業及自然保育署南投分署今天發布新聞稿表示，保留區設有紅外線自動照相機監測野生動物，至今記錄物種有石虎、藍腹鷴、台灣野山羊、食蟹獴等，植物調查及保育則針對稀有指標物種九九峰秋海棠、紫背脈葉蘭、梭羅木、秀柱花進行長期調查。
南投林業分署也表示，委託國立嘉義大學森林暨自然資源學系進行植物資源調查計畫，發現保留區內植物共有21種屬於「2017年台灣維管束植物紅皮書名錄」中評定的受脅紅皮書物種，包含竹柏、九九峰秋海棠、尖葉水絲梨、垂枝羊角扭等稀有瀕危物種。
南投林業分署指出，值得注意的是，垂枝羊角扭是在九九峰自然保留區周遭發現命名發表的新物種，而毛瓣石楠之前發現分布在中橫、谷關、八仙山、惠蓀林場一帶，在此研究中都見於保留區，是新發現的分布紀錄，可見保留區特殊地景及少有人為干擾，成為稀有植物分布熱點及避難所。
南投分署長李政賢說，九九峰自然保留區保存珍貴特殊地景與生物資源，欲進入保留區應利用自然保護區域進入申請系統確實申請，進入保留區禁止改變或破壞原有自然狀態，並注意自身安全。
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